Después de jugar profesionalmente en el Palmeiras a finales de los 80, llegó al São Paulo en 1990, donde viviría grandes momentos de su carrera. Comenzando por las conquistas de los Paulistas del 91 y 92, el Brasileiro del 91, los Mundiales Interclubes del 92 y 93, la Libertadores del 92 y 93 y la Recopa Sul-americana del 93 y 94.

Zetti tuvo actuaciones memorables, como en la final de la Libertadores de 1992 ante Newell’s Old Boys, que se decidió en penales, cuando el arquero de la Tricolor detuvo el penal de Gamboa, asegurando el primer título de Libertadores del São Paulo.

En 1993 fue elegido quinto mejor portero del mundo por la Federación Internacional de Historia y Estadística del Fútbol (IFFHS), por detrás de nombres como Peter Schmeichel, Goycochea, Jorge Campos y Andoni Zubizarreta.