Depois de jogar profissionalmente no Palmeiras no final dos anos 80, chegou ao São Paulo em 1990, onde viveria grandes momentos da sua carreira. Começando com as conquistas dos Paulistas de 91 e 92, o Brasileiro de 91, os Mundiais Interclubes de 92 e 93, as Libertadores de 92 e 93 e a Recopa Sul-americana em 93 e 94

Zetti teve atuações memoráveis como na final da Libertadores de 1992 contra o Newell’s Old Boys que foi decidida nos pênaltis, quando o arqueiro Tricolor defendeu o pênalti de Gamboa cravando o primeiro título do São Paulo na Libertadores.

Em 1993 foi eleito o quinto melhor goleiro do Mundo pela Federação Internacional de História e Estatísticas do Futebol (IFFHS), ficando atrás de nomes como Peter Schmeichel, Goycochea, Jorge Campos e Andoni Zubizarreta.